水利工程建設程序一般分為：項目建議書、可行性研究報告、施工準備(包括招標設計)、初步設計、建設實施、生產準備、竣工驗收、后評價等階段，各階段工作實際開展時間可以重疊。
項目建議書、可行性研究報告、初步設計稱為前期工作。項目的實施，應當經過基本建設程序完成立項手續。立項過程(手續)包括項目建議書和可行性研究報告階段。
1.水利工程建設項目管理實行統一管理、分級管理和目標管理。實行水利部、流域機構和地方水行政主管部門以及項目法人分級、分層次管理的管理體系。
2.水利工程項目法人對建設項目的立項、籌資、建設、生產經營、還本付息以及資產保值增值的全過程負責，并承擔投資風險。代表項目法人對建設項目進行管理的建設單位是項目建設的直接組織者和實施者。
3.可行性研究報告應對項目進行方案比較，對技術上是否可行和經濟上是否合理進行充分的科學分析和論證，解決項目建設技術、經濟、環境、社會可行性問題。申報項目可行性研究報告，必須同時提出項目法人組建方案及運行機制、資金籌措方案、資金結構及回收資金的辦法。
4.由于工程項目基本條件發生變化，引起工程規模、工程標準、設計方案、工程量的改變，其靜態總投資超過可行性研究報告相應估算靜態總投資在15%以下時，要對工程變化內容和增加投資提出專題分析報告。超過15%以上(含15%)時，必須重新編制可行性研究報告并按原程序報批。
5.項目竣工驗收后，一般經過1～2年生產(運行)后，進行項目后評價。
六個方面評價包括：①過程評價;②經濟評價;③社會影響及移民安置評價④環境影響及水土保持評價;⑤目標和可持續性評價;⑥綜合評價。
三個層次包括：項目法人的自我評價、項目行業的評價、主管部門(或主要投資方)的評價。項目后評價工作必須遵循獨立、公正、客觀、科學的原則，做到分析合理、評價公正。
6.水利工程建設項目應當具備以下條件，方可開展施工準備：(水建管[2017]177號文《水利部關于調整水利工程建設項目施工準備開工條件的通知》已發布2017年5月2日實施)
(1)建設項目可行性研究報告已經批準;
(2)環境影響評價文件等已經批準;
(3)年度投資計劃下達或建設資金已落實。
7.要按照“政府監督、項目法人負責、社會監理、企業保證”的要求，建立健全質量管理體系。
水利工程項目法人(建設單位)、監理、設計、施工等單位的負責人，對本單位的質量工作負領導責任。
各單位在工程現場的項目負責人對本單位在工程現場的質量工作負直接領導責任。
各單位的工程技術負責人對質量工作負技術責任。具體工作人員為直接責任人。
8.建設項目管理“三項”制度為：項目法人責任制、招標投標制和建設監理制。項目法人是項目建設的活動主體，對項目建設的工程質量、工程進度、資金管理和生產安全負總責，并對項目主管部門負責。項目法人責任制主要是針對經營性建設工程項目，非經營性建設工程項目則參照執行。基礎設施項目，除軍事工程等特殊情況外，都要按政企分開的原則組成項目法人，實行建設項目法人責任制，由項目法定代表人對工程質量負總責。
9.一個制造商對同一品牌同一型號的貨物，僅能委托一個代理商參加投標，否則應作廢標處理。技術簡單或技術規格、性能、制作工藝要求統一的貨物，一般采用經評審的最低投標價法進行評標。技術復雜或技術規格、性能、制作工藝要求難以統一的貨物，一般采用綜合評估法進行評標。最低投標價不得低于成本。
10.監理招標不宜設置標底、一般不宜分標。如若分標，各監理標的監理合同估算價應當在50萬元人民幣以上。
11.招標分為公開招標和邀請招標。招標人不得將依法必須進行招標的項目化整為零，或者以其他任何方式規避招標。
12.有下列情況之一的水利工程建設項目勘察(測)設計，經批準后可采用邀請招標：
1)項目的技術性、專業性較強，或者環境資源條件特殊，符合條件的潛在投標人數量有限的;
2)如采用公開招標，所需費用占水利工程建設項目總投資的比例過大的;
3)公開招標中，投標人少于三個，或者所有投標均被評標委員會否決，需要重新組織招標的。
